在怀孕初期，通过B超检查确认孕囊的位置和发育情况是非常重要的一步。然而，在怀孕40多天的时候，如果B超未能看到孕囊，这可能意味着几种不同的情况。

首先，需要明确的是，怀孕的时间计算是从末次月经的第一天开始算起的。因此，怀孕40多天实际上可能只相当于受精后大约6周左右的时间。在这个阶段，胚胎还非常小，孕囊也可能还未完全形成到可以在B超上清晰显示的程度。通常情况下，怀孕5-6周时，孕囊可以通过经阴道超声检查看到；而通过腹部B超，则可能需要再晚一周左右才能更清楚地观察到。

其次，如果确实已经怀孕超过5周，但B超仍未能发现孕囊，可能存在宫外孕或者生化妊娠的可能性。宫外孕是指受精卵着床在子宫腔以外的地方，最常见的是输卵管内。这种情况需要特别注意，因为它可能会对母亲的健康造成威胁。而生化妊娠则是指受精卵虽然成功着床并开始分泌人绒毛膜促性腺激素（hCG），但由于某些原因未能继续正常发育，最终导致流产。

另外，也有极少数情况下，可能是由于胚胎发育异常或者是测量误差导致的结果不一致。此时，医生通常会建议复查B超或进行血液hCG水平检测来进一步确认。

面对这样的情况，最重要的是保持冷静，并积极配合医生的指导进行后续检查和处理。无论是哪种情况，及时的专业医疗干预都是非常必要的。同时，孕妇在此期间应避免剧烈运动和情绪波动，确保充足的休息与营养摄入，以支持身体的最佳状态。

总之，怀孕早期未能通过B超看到孕囊并不一定意味着出现了严重问题，但确实需要引起足够的重视。务必遵循专业医生的建议，定期复查并密切关注自身状况的变化。