吴茱萸和山茱萸都是传统中药中常用的药材，但它们在来源、外观以及药效上存在明显的差异。

首先，从来源上看，吴茱萸（Evodia rutaecarpa）属于芸香科吴茱萸属植物，主要分布在亚洲东部及东南部地区。而山茱萸（Cornus officinalis）则属于山茱萸科山茱萸属植物，广泛分布于东亚地区，包括中国中部和南部。

其次，在外观上，吴茱萸的果实呈球形或卵圆形，成熟时为暗红色至紫黑色；而山茱萸的果实为椭圆形，成熟后呈现鲜红色。此外，吴茱萸的叶子为羽状复叶，而山茱萸的叶子为单叶对生。

最后，从药效角度来看，吴茱萸主要用于温中止痛、降逆止呕，适用于治疗胃寒呕吐、腹痛腹泻等症状。而山茱萸则具有补肝肾、益精血的作用，常用于治疗腰膝酸软、头晕耳鸣等症。

通过上述对比可以看出，虽然吴茱萸与山茱萸都属于茱萸类植物，但它们在多个方面存在显著差异。因此，在使用时需要根据具体症状选择合适的药材。